本发明提供了肠道菌群配型的多组学数据优化方法、系统、设备及介质，所述方法包括采集菌群移植供体与菌群移植受体的多组学数据；分别对所述菌群移植供体和菌群移植受体的多组学数据进行预处理，得到待配型多组学数据；构建自编码器，并根据所述自编码器对所述待配型多组学数据进行降维、压缩处理，得到多组学数据优化特征；本发明方法通过使用自编码器方法对肠道菌群移植配型的多组学数据进行高效优化，大幅减低数据维度和冗余度，且通过使用L1正则化，有效过滤噪声，提升多组学数据特征的价值和区分度的同时，也防止了过拟合，为下游配型提供高质量输入，有效提升配型效率和准确度，进而为肠道菌群移植的治疗效果提供可靠保障。