一种基于双目视觉的被动红外标记手术器械配准方法，包括：一、构建工具特征，读取参数文件，通过计算获得红外反光工具中各标志点构建成的形状特征，包括距离特征以及三角特征；二、标志点三维位置识别，两单目红外镜头同时拍摄图像，图像中的标志点表现为高亮斑点；以第一单目红外镜头的空间位置作为坐标原点，将两图像中相同位置的标志点成对匹配；算出每对匹配标志点的空间三维坐标位置；三、空间散点与工具匹配。本发明可满足临床手术导航的器械配准需要，且跟踪配准同时具备较高的帧率与准确性。跟踪实时性、准确性高。红外反光工具只需至少三个标志点被检测即可实现识别。红外反光工具的添加、移除以及部分遮挡下均可以实现实时检测。