本发明公开了一种区域多景卫星高光谱遥感数据的处理方法及系统，通过选择数据质量最好的一组高光谱遥感反射率数据作为基准参考光谱数据，并对剩余高光谱遥感反射率数据组成的待校正光谱数据集中的各组待校正光谱数据依次进行光谱谱形校正处理和反射率值大小校正处理后再进行镶嵌拼接，能够快速、高效地去除多景多时相高光谱遥感数据影像间的光谱差异，有效解决了多景高光谱遥感反射率数据因大气校正、传感器观测条件不同等因素影响造成的矿物填图结果不连续性问题，提高了后续区域高光谱遥感矿物识别处理效率和矿物信息检出率，有利于后期矿物信息提取、资源勘探等工作的进行。