本发明提供基于知识图谱的协同故障诊断方法及系统，属于机械故障诊断技术领域，分布式子节点构建本地故障知识图谱；中心节点对各本地故障知识图谱进行聚合，对各故障检测模型进行选择和聚合；聚合后的全局故障知识图谱下发给各分布式子节点，根据本地故障知识图谱和全局故障知识图谱构建本地故障树模型，并映射成贝叶斯网络，进行故障成因的差异化分析，并结合全局故障知识图谱进行处理措施推荐。本发明克服现有故障诊断过程中故障数据的大规模、高维度、处理困难以及故障信息的非结构化、知识利用率较低的问题，与实际分布式场景中的故障诊断结合紧密，与数据集中式上传的故障诊断方式相比，有效保护数据隐私，节约通信带宽，具有更强的实用性。