本发明提供一种实验型微波杀菌装置，用于少量流体的杀菌，包括微波加热腔，在所述微波加热腔内设置用于通过待杀菌流体的毛细管，并在所述微波加热腔的入口处和出口处设置毛细管入口和毛细管出口，所述毛细管入口与用于承装待杀菌流体的第一容器连接，所述毛细管出口与用于承装杀菌后的流体的第二容器连接，所述毛细管入口与所述第一容器之间还设置一流体泵；所述待杀菌流体的处理量小于100ml/min。本发明提供的一种实验型微波杀菌装置和杀菌方法，适合于小量流体杀菌的方法，利用微波杀菌的热效应和非热效应，在相对较低的温度下利用微波对流体进行杀菌，减少流体中热敏性成分的损失，更好的保持流体的风味和胶体界面特性。