本发明提供一种阵列式空气源热泵机组运行控制方法及系统，属于供热取暖设备技术领域，包括：当风速大于产生冷岛效应的临界风速时，则随机运行需要运行的机组台数数量的机组；当风速小于或等于产生冷岛效应的临界风速时，其中，若机组总负荷率小于预设的阈值，则优先开启距离主导风向与阵列平面交汇点最远端外边缘位置的机组，再开启最近端外边缘位置的机组，直至机组的开启数量达到需要运行的机组台数数量；若机组总负荷率大于或等于预设的阈值，则机组全部开启。本发明在不同阵列方式、主导风向、风速和负荷需求下，合理确定机组启动次序和数量，有效缓解了冷岛效应对空气源热泵实际运行影响，提高了机组制热能力，实现了全工况下高效稳定运行。