本发明公开了一种导航信道仿真数据流程精度控制方法及系统，包括导航信道特性参数仿真模型及计算、不同动态场景下模型计算时间间隔优化、不同动态场景下模型计算时间间隔优化、插值获取任意时刻信道特性参数的分段计算、信息/信号流时刻一致性控制、信道仿真场景管理设置与操作控制实施等，改变了传统只关注提升信道数学模型精度的局限性，采用软件模型仿真流程优化与硬件模拟误差校准相结合的精度控制技术，有效提升了信道模拟器的物理可实现精度，满足了导航信道模拟器亚纳秒级信号传输时延模拟精度需求。