本发明涉及海上发电技术领域，公开了一种海上变电站及其设计水线位置计算方法，包括压载水舱，压载水舱为类圆柱体结构，压载水舱包括有上压载部和垂荡阻尼部，上压载部的中部设置有隔离舱，隔离舱为封闭空腔，并通过设计水线位置计算方法，设置隔离舱的高度等于垂荡阻尼部的高度。根据本发明的海上变电站及其设计水线位置计算方法，降低了波浪漂流力的影响，满足远海、深海、更大风电容量的送出需要，降低施工成本。