本发明公开了一种飞针测试机及其测试轴极性分配方法。该方法包括：建立第一探针坐标系和第二探针坐标系之间的转换关系M₁₂，第一探针到第一待测点的移动路径L₁₁，第二探针到第二待测点的移动路径L₂₂；基于转换关系M₁₂判断移动路径L₁₁和移动路径L₂₂之间是否存在干涉；若移动路径L₁₁和移动路径L₂₂之间存在干涉，则以第二待测点作为第一探针的测试点，并以第一待测点作为第二探针的测试点，进行下针测试。本发明提供的飞针测试机及其测试轴极性分配方法，其能够根据PCB板上的测试点与对应探针之间的位置及对应关系，来判断探针对应的测试轴测试过程中是否会发生干涉碰撞，并根据判断结果来分配测试轴的极性，以避免下针测试时测试轴发生干涉碰撞。