本发明公开一种低水头水电站群下游水库日平均入库流量的预测方法，包括初始化步骤、模型精度优化步骤和预测步骤；所述初始化步骤包括：根据流域情况及水库群位置确定水库群上下游关系；设定一个时段，统计和计算各个时段内下游水库入库流量数据、各个时段内上游水库出库流量数据、各个时段内降雨量数据和各个时段内前期影响雨量；所述模型精度优化步骤包括：建立入库流量模型并优化率定参数；预测步骤包括：利用经过模型精度优化步骤后的参数，并通过入库流量模型进行日均入库流量的预测计算。本发明在低水头水库群缺少资料地区的情况下仍能够进行河道演算和区间入流预测。