本发明公开基于域变换保边滤波器的多源医学图像融合方法和系统，该方法包括如下步骤：将多源医学图像输入域变换保边滤波器进行滤波处理，获得多源医学图像的平滑分量和结构分量；融合相应的平滑分量和结构分量，获得融合后的平滑分量融合图像和融合后的结构分量融合图像；对融合后的平滑分量融合图像和结构分量融合图像进行逆变换，获得多源医学图像的融合图像。本发明可有效地对不同模态的图像之间的差异信息进行融合和集中显现，既可以辅助医生能够更好的了解病人的身体状况，精准判断身体的患病区域，还利于医学图像的后续处理。