本发明属于生物纳米材料和金属腐蚀防护材料技术领域，具体涉及一种生物合成磁性量子点四氧化三铁纳米材料的方法及其应用，本发明利用微生物通过生物矿化的原理，在原位温和条件下合成了大量棕红色羟基氧化铁，然后将生物合成的羟基氧化铁在惰性气体气氛中高温焙烧，通过原位自还原即可获得量子点四氧化三铁纳米材料。同时，将制备的量子点四氧化三铁磁性纳米材料作为填料用于制备性能优异的防腐涂料，可以显著降低涂层的缺陷，提高涂层的保护性能。因此，本发明利用生物矿化原理制备纳米材料，不仅具有反应条件温和、制备效率高、能够大量合成等优点，而且制备的量子点磁性纳米材料在海洋腐蚀防护等学科和研究领域具有广泛和重要的应用前景。