本发明公开了一种基于磁梯度的速度估计方法及装置，方法步骤为：触发航姿参考系统并同步引发磁传感器阵列模块对载体进行测量；根据航姿参考系统返回的姿态四元数数据计算旋转矩阵，根据航姿参考系统返回的角速度数据计算角速度反对称阵；采集磁传感器阵列模块中各磁传感器数据，计算得到磁场梯度，同时根据航姿参考系统返回的磁场数据计算磁场矢量；将计算得到的旋转矩阵、角速度反对称阵、磁场梯度及磁场矢量数据输入MCU控制模块中进行计算，得到载体运动速度。本发明根据航姿参考系统获取的姿态信息、角速度信息，以及从磁传感器阵列获得的室内磁场梯度信息估计载体运动速度，修正惯性导航的速度积分漂移，提高室内导航定位系统的精度及鲁棒性。