本发明公开了一种基于M估计的雷达系统误差鲁棒配准方法及系统，用于计算两个雷达的系统误差估计量，且用于两个雷达从开机到关机的全过程，其中，配准方法包括：初始化步骤、目标函数求解步骤、目标循环求解步骤和时刻循环求解步骤；本发明使用M估计函数改写目标函数，并计算得到含有自适应矩阵的估计增益矩阵，而自适应矩阵的值会根据残差的值自适应地调节，无论残差是正向偏大或是负向偏大，自适应矩阵都会随残差的绝对值的增大而减小，从而降低异常数据的权重，减少异常数据对系统误差估计值的不利影响；因此，利用M估计的鲁棒性，可以得到更为准确的系统误差估计值。