本发明提供一种基于空海潜跨域协同的港口设施立体巡检方法、系统，该方法包括通过无人机搭载监控摄像头获取港口环境信息，确定所需巡检位置，并将信息传递给地面控制人员；地面控制人员判断该区域需要巡检后，无人机进入悬停状态，进行实时水面监控，地面控制人员向无人艇发出巡检信号；无人艇作为水面通讯载体，引导水下机器人到达指定巡检位置巡检；水下机器人靠近目标位置后，声呐工作，地面控制站显示拍摄画面，控制人员截取画面中检测构件是否出现裂缝的照片；将照片保存到地面控制站，并由控制人员通过测量程序得到测量数据。本发明将无人机、无人艇、水下机器人及其搭载的声呐和双目摄像头连接成一个系统，可进行立体式巡检。