本发明公开了一种基于MR横轴位图像分割的心脏三维定位方法，通过扫描多层MR横轴位图像、使用“区域生长分割算法”分割心脏区域、重建三维心脏图像、手动调整定位面、计算出扫描面参数、输入扫描仪器中，完成心脏四腔心、横轴位、长轴位扫描。与手动定位法相比，本发明只需要扫描横轴位的胸腔影像，经过后处理得到扫描面参数后，输入磁共振扫描系统，即可直接扫描心脏的长轴、短轴、四腔心等扫描面，缩短了定位流程所消耗的时间，提高了心脏定位的准确度。