本申请公开了一种光纤水听器干涉信号强度补偿方法和系统，该方法包括：获取回波脉冲信号，利用预设方法对所述回波脉冲信号进行处理，得到初始干涉信号；计算所述初始干涉信号的强度衰减系数；根据所述强度衰减系数，对所述初始干涉信号进行强度补偿，得到强度补偿后的干涉信号。本发明利用预设的方法对畸变的回波脉冲信号进行重采样，能够更精确地定位每个脉冲峰值的轨迹；通过计算脉冲信号的峰峰值，确定信号强度衰减系数；根据所述强度衰减系数对信号进行强度补偿。本发明从根本上解决了引入环形器导致的干涉信号幅度衰减问题，有效地提高了干涉信号的信噪比，提高了信号解调的稳定性。