本发明公开了一种神经退行性疾病预测系统及使用方法，其中一种神经退行性疾病预测系统的使用方法包括：定期采集用户双眼的虹膜图像；提取所述虹膜图像的局部特征；将当前采集的虹膜图像的局部特征与上一次采集的虹膜图像的局部特征进行比对，得到比对结果；根据比对结果判断局部特征是否发生变化，若所述局部特征发生变化，则发出提示信息；基于所述提示信息，采用第一检测手段，检测所述用户的眼部数据；基于所述眼部数据，提供所述用户罹患神经退行性疾病的置信度，并基于所述置信度对所述用户罹患神经退行性疾病进行预测。本发明通过眼部虹膜图像判断是否存在神经退行性疾病，能够提高检测的准确性，同时可以节省大量的检测费用。