本申请公开了一种片上集成微纳结构的加工方法，包括基于红外探测器芯片的第一表面的第一标记，在第一表面加工微纳结构；将过渡基板上的第二标记与第一标记对齐，将加工有微纳结构的第一表面与过渡基板结合；第一标记和第二标记基于同一坐标系；基于第二标记，在红外探测器芯片的第二表面形成探测器像元；将读出电路芯片与第二表面对准耦合，得到预制混成芯片；分离预制混成芯片中的过渡基板，得到集成有微纳结构的混成芯片。在耦合读出电路芯片之前加工微纳结构，避免对读出电路芯片造成影响，且微纳结构基于第一标记加工，还能提升微纳结构与探测器像元的对准精度。本申请还提供一种红外探测器。