本发明涉及马铃薯育种领域，具体而言，涉及一种早期鉴定马铃薯品系淀粉含量的方法及其应用。所述的早期鉴定马铃薯品系淀粉含量的方法，包括以下步骤：将马铃薯块茎置于标准检测液中，若所述马铃薯块茎在所述标准检测液中表现为上浮，则代表所述马铃薯块茎的淀粉含量小于标准马铃薯品系的淀粉含量；若所述马铃薯块茎在所述标准检测液中表现为下沉，则代表所述马铃薯块茎的淀粉含量大于所述标准马铃薯品系的淀粉含量；其中，所述标准检测液的比重与所述标准马铃薯品系淀粉含量对应的水比重相等。所述的早期鉴定马铃薯品系淀粉含量的方法，能够快速且高效的筛选出淀粉含量高的马铃薯品系。