本发明提供了一种棘球蚴病微生物标志物及其筛选方法和应用，属于疾病诊断技术领域。本发明通过对健康人和棘球蚴病患者粪便中真菌组分进行ITS1区域测序，获得真菌的丰度，通过筛选运算找到特定种属的真菌作为微生物标志物，利用带类标的数据进行模型优化调参，提高模型的精确度和灵敏度，根据输出的风险值预测棘球蚴病发生概率，同时指示肠道微生物平衡状态。实验证明，本发明提供的棘球蚴病微生物标志物可有效用于构建棘球蚴病风险预测模型，且预测灵敏度高、特异性好，能在多样本中有效区分棘球蚴病患者和健康人，准确度为87.5％以上，为疾病研究奠定基础。