本发明公开了一种噬菌体微胶囊及其制备方法，该噬菌体微胶囊主要由以下组成制备而成：噬菌体芯材、保护剂和壁材，其中，所述壁材包括海藻酸钠、明胶、卡拉胶、麦芽糊精、壳聚糖、羟甲基纤维素中的一种或多种；所述保护剂包括两性淀粉、海藻糖、脱脂乳、碳酸钙、蔗糖、麦芽糊精中的一种或多种。该制备方法包括以下步骤：将壁材和保护剂按照比例分别加入到噬菌体发酵液中，充分混匀，得到噬菌体胶液；通过锐孔法将噬菌体胶液挤入到固化剂溶液中，静止固化，得到湿胶囊；将湿胶囊用洗涤液进行洗涤；将洗涤后的湿胶囊浸泡在包膜材料溶液中进行覆膜处理后，得到噬菌体微胶囊。该噬菌体微胶囊具有良好耐酸性和保存稳定性，缓释率高，提高噬菌体存活率。