本申请提供了一种基于深度学习的眼底病变诊断方法、系统及设备，本申请通过通过设置有间接检眼镜的移动终端获取检眼人员的眼底图像集；将眼底图像集和检眼人员的检眼信息进行绑定；将绑定后的眼底图像集通过无线网远程发送给检眼管理数据库；按照入库时间先后顺序将检眼人员的眼底图像集依次输入至预构建的眼底病变诊断模型中得到诊断结果；基于诊断结果生成诊断结论；根据诊断结论、检验信息和眼底图像生成检眼报告。本申请能够通过设置有间接检眼镜的移动终端来获取眼底图像集，成本较低，且易于实现，进一步基于眼底病变诊断模型自动进行眼底疾病检查诊断，大大节约了人力，提高了眼底检查效率，可以满足偏远地区人们的眼底检查需求。