本发明涉及一种基于量子GAT算法进行药物靶点结合能的预测方法，属于量子计算技术领域。因为该方法将药物分子预处理得到图结构数据，图结构数据包括节点初始特征矩阵X及邻接矩阵A，将节点初始特征矩阵X中的节点i及邻近节点j处理得到对应的节点量子态及邻近节点量子态后，输入至量子GAT中进行纠缠演化，并进行分值计算，输出节点i对应的处理特征向量，遍历所有节点i得到药物分子对应的节点处理特征矩阵，再将节点处理特征矩阵与蛋白质处理矩阵输入经典层进行拼接，最后输出预测的结合能。所以，该方法实现了图注意力机制的一种量子计算方式，可以有效避免分子空间结构丢失的问题，捕获原子间键的特征，提升模型预测性能。