本申请提供了一种神经元胞体的识别方法及装置，包括：获取荧光视频，荧光视频具有多个神经元胞体；根据经过训练的第二神经元胞体识别分割网络，对多个神经元胞体进行识别，得到多个神经元胞体的候选胞体区域集合，候选胞体区域集合包括多个候选胞体区域，候选胞体区域包括神经元胞体的位置信息和边界信息；根据荧光视频的帧的顺序，对候选胞体区域集合进行双向跟踪匹配，得到候选胞体区域集合经过双向跟踪匹配的独立掩膜序列，其中，独立掩膜序列包括神经元胞体在荧光视频中任一帧的掩膜。本申请的神经元胞体的识别方法及装置，采用粗定位、精识别的串行工作流程，能够准确、全面地识别荧光视频中的神经元胞体。