本发明提供了一种多轴电动伺服系统控制器，包括壳体；所述壳体内安装有控制印制板组件和驱动印制板组件，壳体的上端面和下端面分别连接有上盖板和下盖板；所述下盖板与驱动印制板组件上的功率管之间设有导热膏，控制印制板组件和驱动印制板组件之间插接有多个由直插插座和直插插头插合而成的板间传输结构；所述上盖板、壳体、下盖板形成深腔圆弧抽出一体化结构，在上盖板的外部通过螺钉连接有DSP盖板和FPGA盖板。本发明有效避免了导线传输信号出现的维修性、测试性、保障性差等问题；降低了设计成本，增加大了产品的可靠性；抗冲击、振动能力强，易于控制器的维修、信号测试、可靠性高；降低了控制器的加工成本及体积。