本发明公开了一种高F值富硒寡肽的制备方法及其抗疲劳产品，其包括如下步骤：S1、对富硒原料进行干燥、粉碎，以获得富硒原料粉；S2、提取所述富硒原料粉中的富硒蛋白粗品，并对所述富硒蛋白粗品进行纯化；S3、将所述富硒蛋白成品调浆后依次经过内肽酶酶膜反应器和外肽酶酶膜反应器酶解，酶解后产物经超滤膜去除大分子多肽蛋白质，以获得富硒寡肽粗品；S4、对所述富硒寡肽粗品进行活性炭脱芳处理以及大孔树脂脱盐处理，以获得高F值富硒寡肽粗品；以及S5、对所述高F值富硒寡肽粗品进行包埋，以获得所述高F值富硒寡肽成品。本发明可通过结合活性炭脱芳处理、大孔树脂脱盐处理以及包埋处理获得稳定性好的高F值富硒寡肽。