本发明公开了一种用于发酵的益生菌饲料制造设备及其发酵方法，其装置包括顶部开口的发酵筒，所述发酵筒的顶部可拆卸连接有盖板，所述发酵筒的顶部和底部内壁之间固定有密封设置的分隔筒，且分隔筒内设置有发酵腔，发酵腔的顶部设置有加料门，发酵腔内设置有搅拌机构，发酵腔内设置有注氧管和回气管；其方法包括以下步骤：准备作业，将多种材料和添加剂投入至发酵腔内，将连接腔内抽设成无氧环境；搅拌发酵，利用驱动电机带动转动件和连接件进行转动而将饲料混合进行发酵作业。本发明通过在无氧环境下的连接腔中对有氧环境下杂菌的抑制以及杀菌灯的配合杀菌，通过间隔循环气流配合无氧环境来去除杂菌以提高发酵饲料的质量。