本公开描述了一种细胞病理图像的标注坐标转换方法、系统、设备及介质，该方法包括获取同一病理玻片对应的基准图像和待配准图像，基准图像具有标注坐标；获取基准图像的第一有效区域和待配准图像的第二有效区域；从第一有效区域选取第一预设大小的图像块并计算对应的关键点；从第二有效区域选取对应的第二预设大小的待匹配区域并利用滑窗法获取待匹配区域与对应的图像块的关键点的匹配度最高的目标滑窗和对应的关键点对，第二预设大小大于第一预设大小；根据多个目标滑窗对应的关键点对获取单应变换关系矩阵以将基准图像的标注坐标映射至待配准图像，进而获取待配准图像的标注坐标。由此，能够提高同一病理玻片的多张细胞病理图像的标注效率。