本发明提供了一种自动标注医学图像的计算机实现的方法。该方法包括将训练图像和训练标注聚类成集群，每个集群包括具有代表性图像和代表性标注的代表性模板。该方法还包括使用训练数据集训练神经网络模型，其中训练数据集包括训练图像和训练标注，并且神经网络模型的目标输出是医学图像中的标注。该方法还包括使用所训练的神经网络模型生成对应于未标注测试图像的次优标注，以及使用次优标注和代表性模板生成对应于未标注测试图像的最优标注。此外，该方法包括使用测试图像和最优标注更新训练数据集，重新训练神经网络模型，使用所重新训练的神经网络模型生成未标注图像中的标注，以及输出所生成的标注。