本发明公开一种船舶混合动力系统及能量管理控制方法、设备和存储介质，能量管理控制方法包括：以默认运行模式运行；默认运行模式运行包括：定时获取负载功率需求；根据获取的负载功率需求和锂电池系统当前的荷电状态确定氢燃料电池系统需输出的第一功率；获取预设的功率灰色模型当前预测的氢燃料电池系统的功率预测值，判断功率预测值是否大于第一功率；若是，则控制氢燃料电池系统的输出功率调节至功率预测值；若否，则控制氢燃料电池系统的输出功率调节至第一功率。本发明技术方案，有效提升了船舶混合动力系统的能源效率。