本发明公开了一种制备锗烷的系统及其制备方法，涉及制备锗烷的技术领域。所述系统的原料部分包括碱水溶液罐1、第一反应溶液罐2、第二反应溶液罐3、第三反应溶液罐4，所述碱水溶液罐1出口连接至第一反应溶液罐2和反应中和釜6，所述第一反应溶液罐2出口连接至第二反应溶液罐3，第二反应溶液罐4出口与第三反应溶液罐4出口连接至恒温反应器5，所述恒温反应器5出口连接至反应中和釜6，反应中和釜6上出口连接至气体处理单元。本发明采用二氧化锗提供锗化氢锗源，采用硼氢化钠作为还原剂，采用分批次、低浓度、控制温度、再次反应方法，可以在生产过程中保持二氧化锗较高的转化率，副产物保持较低的含量。