本发明提出了土壤有机质测定方法及测定系统，样品采集单元用于依据土壤类型和位置采集土壤样品，并采用GPS记录采样位置的信息；高光谱数据测量单元用于对采集的土壤样本进行反射光谱测量，获得土壤样本的反射光谱数据，并存储在所述数据库中；处理器用于剔除反射光谱数据中的异常值，对剔除所述异常值后的土壤样本的反射光谱进行变换，对建模需要的特征波段进行选择；模型构建单元用于构建特征波段的反射光谱数据与有机质含量之间的估测模型。本发明应用时，能快速的分析土壤有机质含量，低成本，且能提升分析精度，对于减少数据量，尤其是去除冗余信息起到了很好的作用，能够快速估算土壤中的有机质含量。