本发明公开了一种基于层次注意力神经网络的结核分枝杆菌耐药性预测方法及装置，涉及生物信息学、深度学习与计算机应用技术领域。本发明利用自然语言处理（NLP）技术解决耐药性预测的问题，将菌株基因上的突变视为词、相应基因中所有突变视为句子、将一个菌株（或样本）视为由这种句子组成的文档。通过使用全基因组突变及其位置信息作为输入，从而预测耐药性以及识别耐药性相关基因和突变。本发明对结核分枝杆菌耐药性预测方法克服了以往大多数研究无法有效处理全基因组数据进行耐药性预测的缺陷，显示了发现新型耐药性相关基因和突变的可能性。本发明方法可以作为一种通用方法，以高效率和高精确度探索基于全基因组突变的其他细菌耐药预测的问题。