本发明提供了一种智能稀土金属微纳米胶囊型示踪剂及其制备方法和应用，属于油田示踪技术领域。本发明的微纳米胶囊型示踪剂包含如下原料：稀土金属盐15～23份、纳米二氧化硅20～100份、生物染色剂10～30份、酸碱调节剂1～8份、络合剂0.1～0.3份、稳定剂0.2～0.5份、温敏聚合物0.5～3.5份。本发明通过将稀土金属盐与络合剂反应得到金属络合物作为示踪剂的芯材，将纳米二氧化硅作为载体，通过反应制备得到胶囊型示踪剂。本发明得到的示踪剂对稀土离子的包埋更紧密，具备承受更高盐度、碱度环境水的能力，该示踪剂油溶性高、检测灵敏度高，能够智能识别携带油组分。