本发明提供了一种在频域部署的目标跟踪方法，包括：步骤1、对目标图像数据与待跟踪图像数据进行预处理；步骤2、将预处理后的图像数据变换到频域，并转换成张量形式；步骤3、选取所需数量的静态通道，并将频域下的张量联结；步骤4、将联结后的张量输入到训练好的卷积神经网络，输出目标图像数据与待跟踪图像数据对应的图像特征图；步骤5、对步骤4得到的图像特征图进行互相关操作，得到响应图，从响应图中即可得到目标的跟踪位置。本发明提出的方案在频域进行建立和训练了目标跟踪深度神经网络，利用DCT变换避免了传统频域计算的虚部运算，减少了计算复杂度；在计算复杂度降低的基础上，保持了跟踪准确度。