本发明公开了一种高超声速飞行器动态杆臂效应智能补偿方法，属于惯性导航领域；具体包括：首先，针对高超声速飞行器，建立高动态弹性变形下的动态杆臂效应误差模型；并同时建立高超声速飞行器INS误差模型；然后对动态杆臂效应误差模型中的固有频率进行强化学习，实现动态环境下飞行器杆臂的补偿后代入原动态杆臂效应误差模型，进行INS/GNSS组合导航；最后将当前导航结果与GNSS的定位结果的误差作为强化学习标志位，当误差大于阈值时，采集距离飞行器当前时刻最近的N秒IMU和GNSS数据，对固有频率进行自适应学习，并反馈给动态杆臂效应误差模型继续滤波和定位，进行导航结果的修正。本发明具有准确率高、适应性强的优点。