本发明提供无人船水下测量系统，涉及水下测绘技术领域。该无人船水下测量系统，包括两组船身、工控计算机、航行控制器。本发明，测量采集模块及摄像头检测采集水下地形信息及水面状况，将采集数据通过通讯模块向工控计算机传输，通过工控计算机程序生成水下地形等深线图表，在网桥传输距离最大范围内，通过投放结构将浮标盒进行投放，浮标盒通过定位组件悬停在投放区域，通过浮标盒内置的网桥中继器进行信号传递中继，使得无人船可以测量更远的区域，测量结束后，控制浮标盒中定位组件进行锚绳回收，当锚绳回收不正常时，通过切割组件将锚绳切断，再通过驱动组件展开回收网兜住浮标盒，就近驶回岸边，完成回收工作。