本发明提供一种农作物育种材料来源系谱追溯方法及装置，该方法包括：获取育种材料数据集，所述育种材料数据集表示所有育种材料的遗传关系；根据育种材料数据集中各育种材料的母本材料或父本材料已知或未知的组合情况，分别进行筛选子集，并相应更新各子集的育种材料来源父本和来源母本信息；根据目标育种材料，递归查找每个子集中材料的来源父母本信息，构建来源系谱树。该方法可以实现育种材料来源系谱的自动构建，降低育种工作者劳动强度；同时，有利于可视化的呈现育种材料来源系谱，辅助育种工作者更高效和直观的解析品种亲缘关系、识别近似品种、分析品种优缺点、优化品种选育方案。