本发明涉及导航测量技术领域，公开了一种组合导航系统杆臂值在线测量方法及系统。组合导航系统杆臂值在线测量方法包括：基于惯性测量单元定义的直角坐标系，在第一时刻分别获取从坐标原点至电子角度测量仪的第一向量与从万向节联轴器至GNSS天线相位中心的第二向量；在第一时刻获取电子角度测量仪测量的第一角度测量结果和电子伸缩尺测量的第一长度测量结果，在第二时刻获取电子角度测量仪测量的第二角度测量结果和电子伸缩尺测量的第二长度测量结果；基于上述数据，计算第二时刻下惯性测量单元与GNSS天线之间的杆臂值。本发明系统结构简单，为组合导航算法提供在线杆臂值测量结果，降低组合导航算法复杂度，提升导航精度。