本发明公开了一种发动机控制器，包括相互连接的温度检测模块和CPU处理模块，还包括与CPU处理模块相连接的跳闸执行模块；还包括与CPU处理模块相连接的停机延时模块和与停机延时模块相连接的停机执行模块。对应的控制方法包括：温度检测模块检测发动机水箱中的水温，并把温度信号输出给CPU处理模块；CPU处理模块对该温度信号进行处理，若CPU处理模块判断为高水温，则输出跳闸控制信号给跳闸执行模块；否则，CPU处理模块不输出任何控制信号；跳闸执行模块根据接收到的跳闸控制信号，相应改变发动机的负荷。本发明在发动机出现高水温的情况时，先把发动机的负荷部分或者全部甩掉，经过一段时间后，再使发动机停止转动，避免抱缸事故出现，延长了发动机的使用寿命。