本发明公开了一种高集成度纯数控单光子探测器，其特征在于：由APD雪崩信号处理系统、偏置电压单元、鉴别电压单元、内触发信号单元、制冷部分和数字控制部分组成，制冷部分与APD雪崩信号处理系统相连接，数字控制部分分别与APD雪崩信号处理系统、偏置电压单元、鉴别电压单元、内触发信号单元相连接。由于单光子探测器的各部件通过数字控制部分连为一体，因此各部分可由数字控制部分集中控制，系统集成度高，大大提高了实验效率，智能程度高，也更便于操作，同时降低了实验人员的工作量。