一种干涉仪系统将光沿样本路径定向到样本表面且沿参考路径定向到参考表面，以使由样本表面的区域反射的光和由参考表面反射的光相干涉。在沿在样本和参考表面之间的扫描路径相对移动的过程中，传感元件以一定间隔来感测由相应的表面区域产生的干涉条纹，以提供一组用于各个表面区域的强度数据。相干峰值位置确定器为一个表面区域来根据该组强度数据确定高度数据，所述高度数据表示在扫描路径上、与该表面区域的高度相对应的位置。振幅确定器确定振幅数据，所述振幅数据表示在所确定的高度位置处强度数据的振幅。修改的表面高度计算器通过用一校正因子来修改由相干峰值位置确定器所确定的所述高度数据，以计算用于表面区域的修改的高度数据，该校正因子是使用相应的振幅数据和由校正参数提供器提供的一校正参数来确定的。