本发明公开一种光波导干涉电泳检测系统，包括半导体激光器、分支光波导I、分支光波导II、光电探测器、被检测的毛细管电泳、主干光波导和计算机。它是利用半导体微细加工技术将半导体激光器、光电探测器、光波导等一体化集成在同一个硅片上。其检测方法是先见半导体激光器发出来的激光分成两束光，分别在两对称的分支光波导中传播，并在其中一个光波导的某段中被加上要被检测的毛细管电泳，当光分别经过两个分支光波导之后在主干光波导中发生干涉，干涉光通过光电探测器被探测，经过计算机可以显示其随时间变化的光谱图。本系统具有高灵敏度、体积小、无活动部件、集成化、成本低等特点，可广泛应用于生物分析化学、医学分析化学等领域。