本实用新型公开了一种穿心电容器的灌封结构，包括外壳、芯组、穿心铜棒和灌封料，所述灌封料分为不同材料的两层，底层为绝缘灌注层，面层为弹性密封层。本实用新型采用双层灌封结构，可以选用两种合适的材料进行灌封，既满足底层的绝缘、缓冲的要求，又可以满足面层的密封、保护要求。特别是如果选用聚胺酯材料作为底层的绝缘灌注层，既有良好的绝缘性能，又具有极低的内应力，对芯组可形成有效的缓冲保护。选用弹性环氧树脂作为面层的弹性密封层，具有优良密封性、韧性、化学稳定性和耐温度冲击性能。