本发明公开了一种应用经验模态分解和粒子群优化算法的泵噪消除方法，该方法是基于泵噪声为一组基的线性组合的假设，在泵噪样本提取出来之后，利用经验模态分解将所提取的泵噪样本分解成一组信号作为基，通过粒子群优化算法可以找到这组基最佳线性组合的系数，更新泵噪样本，提升消噪效果。本发明在有限个消噪周期中，以加权的形式对当前泵噪样本进行修正，使其在有限的迭代次数内逐渐收敛于变化后的单位周期内的泵噪波形，以适应系统在长时间运行过程中泵噪声的缓慢变化。