本发明涉及本发明涉及计算机领域，尤其涉及药物血脑屏障渗透性预测中数据集的建立方法及数据模型，该方法包括：获取病人使用血脑屏障渗透性已知的药物后针对已知的每种神经系统疾病显现的症状数；将所属症状数集合形成所述药物的特征数据集并将所述药物的特征数据集所述药物的血脑屏障渗透性结合成所述药物的特征矩阵；将预设数量的血脑屏障渗透性已知的药物的特征矩阵进行组合形成所述数据集。本发明通过将血脑屏障渗透性已知的药物对血脑屏障的渗透性与所述药物对神经系统疾病的疗效之间进行关联形成数据集，使得数据集适用范围较广，适用该数据集训练的血脑屏障渗透性预测模型也能够更大范围的准确预测药物的血脑屏障渗透性。