本发明公开了一种基于缺血性脑卒中MRI检测标记进行病灶分割的方法及装置，其中，方法包括：对核磁共振成像图像进行超像素分割生成多个超像素，选取亮度值大于预设亮度值的超像素组成候选超像素集合，进一步生成预设亮度值对应的候选mask图，改变预设亮度值，生成不同亮度值对应的候选mask图；通过训练集样本训练深度卷积神经网络生成候选mask判别网络，通过判别网络对多个候选mask图进行评分，选取评分最高的候选mask图；通过评分最高的候选mask图对图像分割网络进行训练。该方法利用核磁共振DWI序列中缺血性脑卒中区域的图像特点，仅使用对缺血性脑卒中区域进行边界框标记的训练数据集，对病灶区域进行细致分割。