本发明公开了一种OCT影像分层与病灶语义分割方法、装置及存储介质，所述方法包括：获取待检查患者的一只眼的OCT的每个BScan二维切片影像数据；将切片影像数据逐张输入预先训练好的第一阶段的卷积神经网络，得到第一阶段的分层、视盘区域、黄斑下凹区域的语义分割预测结果；根据得到的第一阶段的分层、视盘区域、黄斑下凹区域的语义分割预测结果，制作“关注区域”；获取“关注区域”的数据图；将“关注区域”的数据图输入第二阶段的卷积神经网络，得到第二阶段的分层、玻璃膜疣、色素上皮层脱离、脉络膜新生血管病灶的语义分割预测结果，本发明提高了病灶像素占总体像素的比例，降低了如玻璃膜疣这样的小面积阳性病灶的学习难度。