本发明公开了一种微生物的荧光光谱检测系统，包括激光光源向透光平台上承载的待测微生物样品上发射激光，激发荧光染料发出荧光；透光平台设置在显微透镜组的焦平面上；显微透镜组将透光平台透射的荧光光线放大形成平行光；滤光件对平行光进行滤光；第一聚光透镜组将平行光聚光形成荧光图像，并由积分视场单元分割成若干个图像单元，通过光谱仪对若干个图像单元进行色散；探测器检测获得的光谱分布信息。本申请无需对显微透镜组的视场内的荧光光线进行逐个位置扫描，实现显微透镜组的视场内的荧光光线的同步色散，提高了对微生物样品荧光检测的观测效率，有利于对微生物中细胞或细胞器瞬时变化情况的捕捉，提高对微生物研究的准确率。